El héroe discreto narra la historia paralela de dos personajes: el ordenado y entrañable Felícito Yanaqué, un pequeño empresario de Piura, que es extorsionado; y de Ismael Carrera, un exitoso hombre de negocios, dueño de una aseguradora en Lima, quien urde una sorpresiva venganza contra sus dos hijos holgazanes que quisieron verlo muerto.
Ambos personajes son, a su modo, discretos rebeldes que intentan hacerse cargo de sus propios destinos, pues tanto Ismael como Felícito le echan un pulso al curso de los acontecimientos. Mientras Ismael desafía todas las convenciones de su clase, Felícito se aferra a unas pocas máximas para sentar cara al chantaje. No son justicieros, pero están por encima de las mezquindades de su entorno para vivir según sus ideales y deseos.